至聖先師孔子二五五九周年誕辰，全台各地依古禮舉行祭孔典禮。馬英九總統廿八日特別以「上賓」的身分，蒞臨全台首學台南孔廟祭孔大典上香，創下開國以來首度有元首蒞臨台南孔廟上香的紀錄。

不過，依禮制祭孔典禮的正獻官，均為地方首長，馬總統雖然一大清晨即抵達台南孔廟，但卻只在祭孔大典開始不久後，向至聖先師的牌位上香，前後停留約三分鐘隨即離開，不僅沒有公開發言，更沒有擔任祭孔典禮正獻官。

據了解，馬英九總統早在十天前即已敲定祭孔之行，此事曾在台南市政府內部引發討論。市府文化觀光處長許耿修坦承，單單為了馬總統在祭孔典禮中行上香禮是否合乎禮制，市府就曾兩度開會討論，最後考量地方祭祀中，上香也算合乎禮制，才決定讓總統以「上賓」身分在典禮中上香，也算開了台南孔廟祭孔典禮的首例。

市府開會討論馬總統上香一事時，曾有意邀請馬總統擔任祭孔大典的正獻官，但因擔心可能破壞禮制而作罷。

隨行的總統府公共事務室主任蔡仲禮也認為，根據禮制，正獻官應由地方首長擔任，馬總統在台北市市長任內，也曾擔任祭孔大典正獻官，因此這次以「上賓」身分參加台南孔廟祭孔大典應是名正言順，也算合乎禮制。

市府文化觀光處強調，台南孔廟祭孔典禮是從明延平郡王鄭成功的兒子鄭經開始，但當時的儀式已經無法考證。目前台南孔廟的祭孔儀式則傳承自清朝，四百年來未曾改變過，不僅完全依循古禮進行，連正獻官、分獻官、演奏樂器者及跳六佾舞的兒童，也全都穿著清朝服裝。