台南市合併台南縣升格為直轄市，這段期間已引起不少議員、里長憂心台南市將邊緣化，對於台南縣提早規畫新的行政中心將設在南科一事，台南市長許添財認為這是越權，行政中心應該要由新的市長和市議會決定，即將卸任的政府，無權規畫。

許添財說，台南縣市長和議會議員，都到明年底就要卸任，合併升格後的台南市政府行政中心，不管未來規畫在那裡，都是新市長和新議會才能決定，而且無論規畫在那裡，都是要好多年時間才能完成，所以最理想的辦法，應該是利用現有的縣市政府，成立第一、第二行政中心。

許添財堅決反對現在就把行政中心定位在南科ＡＢＣ區，據了解，當初推動台南縣市合併升格，事後台南市許多議員、里長都反彈，擔心台南市將被邊緣化，而且將來議員席次減少，在議會發言也比較沒有分量，時間久了，台南市將變成新台南市最偏遠地區，因此若在此時確定行政中心設在南科，台南市的選民一定會用選票反應在明年底的市長選舉。