雙颱來襲，重災區的屏東縣和台東縣也繃緊神經。待颱風陸上警報一發布，兩縣府隨時準備將重災區及獨居老人、慢性病患等，撤離到安置場所。

屏東縣長曹啟鴻表示，已要求相關單位掌握易淹水地區及土石流潛勢地區的村民撤離名單，並將獨居老人及慢性病患列冊，待颱風警報發布，隨時準備撤離至安置場所。

屏東縣教育處已通知各國中、小校長準備將學校做為臨時收容場所。副縣長鍾佳濱說，莫拉克風災受害嚴重的地區，包括萬丹、東港、新園、林邊、佳冬及高樹等六鄉鎮，將列為國軍預置兵力區，以便第一時間搶救。

台東縣政府在二日下午召開颱風災害整備會議，在颱風來襲前，將對可能發生災害的地區廣設收容所，而莫拉克颱風嚴重受創的鄉鎮及部落，將依據海上或陸上警報發布後，以氣象資料研判是否有撤離必要，必要時要將全數民眾撤離。

而南投縣依循歷來防災避難操作方式，根據中央氣象局預測，轄內區域如將發生豪大雨，或預估降雨量達當地警戒基準值時，即先行撤離當地居民；至於仁愛鄉廬山、信義鄉神木等土石流、崩塌潛在危險及低窪地區民眾，也列為優先勸導撤離對象。

嘉義縣政府也不敢掉以輕心，二日在消防局召集十八鄉鎮市公所召開「颱風整備會議」，只要中央發布撤離命令，或達黃色警戒，將強制撤離山區民眾。

台南縣長蘇煥智則強調，只要有安全顧慮，將視情況通知居民撤離，不讓憾事再度發生。他說，土石流警戒區只要豪雨下不停，安全都堪慮，目前台南縣以關子嶺粗坑第十五鄰情況較嚴重，颱風帶來豪雨且經評估需撤離居民以確保安全，縣府將嚴格執行撤離命令，其他地區將以實際降雨狀況評估。