深圳發展高新技術（高科技）產業形勢嚴峻。據統計，全市高新技術企業盈利水平同比下降26%，這是以建設國家創新型城市為目標的深圳市，自國際金融危機爆發以來，在發展高新技術產業上遇到最大的挑戰。

深圳市政府日前發表關於科技創新工作的報告對此情況表示「形勢非常嚴峻」。

報告中指出，國際金融危機爆發以後，企業經營陷入前所未有的困境。2008年高新技術企業平均淨利潤率預計只有約6%，同比下降26%。統計數據顯示，2008年全市實現高新技術產品產值8,714億元（人民幣，下同），增速14.7%，增速下滑至10%至20%區間，而在此前的10多年，深圳高新技術產業增速一直保持30%以上。

深圳市在今年1-7月，實現高新技術產品產值3,679億元，比上年同期下降17.9%；高新技術產品實現增加值1,052億元，同比下降18.2%。

為追求低成本及規模擴張，越來越多深圳企業選擇向外地轉移。目前在深圳市產值1億至10億元的高新技術企業超過620家，部分企業已經或即將在中小板或創業板上市。

由於諸多企業處於快速成長期，卻受到市內發展空間的限制，令很多企業都在外地購地，上市募集資金的一半以上投向外地。

報告中還指出，企業的技術創新需求的不斷上升，科技高端人才的短缺越來越明顯。每年引進大學畢業生約4萬人，當中80%以上需要從市外引進，而深圳大學城三家研究生院的每年畢業生約1,800人，留深圳工作率僅30%。

越來越多的高新技術企業通過異地建立研發機構等方式逐步將研發環節向外轉移，令人才不足而導致的研發空心化威脅日益嚴重。目前深圳已經籌建南方科技大學和深圳大學醫學院，並有意再籌建一所城市學院，進一步加強深圳的基礎創新和源頭創新能力，以全球眼光吸引優質教學資源來深合作辦學。