前總統陳水扁大力抨擊的「相牽連案件，併案換法官」規定，雖然大法官會議作成釋字六六五號不違憲，仍有大法官李震山，獨排眾議認定違憲；另有林子儀、許玉秀和許宗力三位大法官，雖認定合憲，卻分別提出部分不同意見和協同意見書，認為有改進空間。

許宗力並重話批評，相牽連案件因合併審判而更換法官前，至少應讓被告表示意見，六六五號解釋，不願採訴訟法規定提升司法人權與公信力的趨勢，給予當事人事前表示意見的機會，直言本件解釋錯失興革司法實務的契機，深引為憾。

司法實務界人士指出，一般大法官解釋會提出不同意見書，就表示不認同多數通過的見解，投票時也多會投下反對票，六六五號解釋，扣除依例不表示意見的主席司法院長賴英照，極可能是以十比四票，恰好達到出席三分之二的通過門檻。

陳水扁當初提出釋憲聲請，首要攻擊「台北地方法院刑事庭分案要點」中的併案審理規定，使得扁案由周占春庭併案由蔡守訓庭審理。

李震山獨排眾議 認定當然違憲

針對「併案換法官」規定，現行十五位大法官，僅李震山一人提出違憲的部分不同意見書。李震山認為，北院分案要點只是行政命令，在涉及訴訟權的限制下，應有法律的依據，即應立法由法律加以規範。

他表示，「併案換法官」非純屬司法行政領域，已涉及審判事項且影響人民訴訟權的保障核心部分，不論從權力分立、相互制衡的觀點，或依對基本權利實現顯屬重要的「重要性理論」，皆應以法律規定。

李震山強調，六六五號解釋未予區分和審查，僅以法律優位原則為依據，一律同意以所謂的「補充規範」訂定，自然不符法律保留原則。

他並指出，司法屬於全民，並非專屬法官或法院，相牽連案件併案的必要性認定、如何併辦、併辦不成後的處理程序，最後卻由少數兼行政職的庭長決定，且未給予案件當事人陳述意見規定，程序不公開透明、結果不可預測且不可救濟下，顯已侵害訴訟基本權的本質或核心，當然構成違憲。

許玉秀也提出部分不同意見書，她認為，分案要點雖未達到違憲的程度，但規定和相關法規仍有檢討和改進的必要。分案規則的客觀性、公平性，應能讓人民檢驗，相關規則不能當作法院內部事宜、法院組織法也需要檢討改進。

林子儀等三位 認為應檢討改進

林子儀則認為，北院分案要點，並未經公布程序，容易遭指摘併案程序不盡透明，反影響人民對法院審判結果的信賴，為免當事人的訴訟權行使受影響甚至受侵害，應予當事人適當表示意見的機會；法院准予合併審理後，也應予當事人適當的救濟管道。北院刑庭分案要點，雖不違憲，仍應「警告檢討改進」。