八八水災後，全台最大八翁酪農區不少乳牛罹患乳房炎，總乳量減兩成，加上入秋以來，天氣仍炎熱，乳量迄今未明顯成長，讓酪農乾著急，中華民國酪農協會秘書長吳進隆說，十一月後乳量將穩定成長，應可減輕酪農壓力。

台南縣家畜疾病防治所草食動物課長黃晉瑩說，九月曾鬧牛奶荒，當時，係因水災過後，酪農區乳牛不少罹患乳牛炎，雖緊急投藥治療，但擠出來的乳不能喝，全部報廢，影響乳牛產量。

除了牛乳產量受損，黃晉瑩說，台南縣養羊高居全國第一名，慶幸的是，災後調查，轄內羊肉、羊乳品質並未受太大的衝擊，僅零星羊場有皮膚病感染的問題，對養羊戶生計較無影響。

柳營鄉一名酪農業者就抱怨，八八災後乳牛得了乳房炎，已經壞掉的器官（乳房），要恢復原狀不大可能，現階段只能復建，至少須停止泌乳一年，對酪農戶來說，乳牛一整年沒法泌乳，供乳量吃緊，損失很大。

以八翁酪農區而言，估計每場約損失兩成乳量。酪農協會秘書長吳進隆則樂觀認為，雖然目前天氣炎熱，但時序已進入秋天，也是乳牛的產乳高峰期，且品質也較夏季為佳。

他說，八翁酪農區全年平均總乳量是卅一萬公噸，目前每月約供應乳品大廠兩萬五千公噸，九、十月產量稍減兩成，但預計十一月即可漸漸恢復正常，應可適時減輕酪農的壓力。