馬政府上任一年多，府院「雙首長制」的分工與分際備受關注。馬英九總統接受昨日出刊的《新新聞》周刊專訪時表示，明年五月就任滿兩年後，可以檢討包括雙首長制在內的修憲問題，但他也首度表示，就這一年多來運作的狀態看來，他認為雙首長制仍然是可行的。

談到和兩任閣揆的共事情形，馬英九說，劉兆玄因八八水災辭職下台，以示承擔所有責任，「我對他只有感激和感念」，其實他在離職前兩周非常拚命，力求把重建基礎打好，原計畫要一個月才能安頓百分之八十的災民，他一周內就做到了，他承擔所有責任，並表明要讓新政府好做事，「我覺得他是相當有俠氣的人」。

至於行政院長吳敦義，馬英九形容「我們互動非常好」，每天都會通電話，要做什麼事情都會讓對方知道，彼此溝通無礙，和國民黨祕書長詹春柏的互動也是如此，他兼任黨揆後，與詹春柏更是維持這樣的互動，五人小組溝通也方便。

馬英九說，雙首長這個制度是一九九七年確立下來的，當時還是李登輝總統執政，陳總統也做了一段時間，雙首長制的特色是，如果在國會的執政黨與總統的政黨不一時，這時是傾向內閣制，如果是一致時則是傾向總統制，這是有換軌機制的，但這點在過去沒有得到很大的發揮。

馬英九認為，明年五月，國會和民間可以來討論，憲政制度中的政府體制是否需要檢討，他也會先請專家學者來檢討這個制度實施兩年後，運作是不是順暢，是不是需要做根本的改變。

馬英九去年接受本報專訪時也表示，九七修憲後，雙首長制一直沒有運作過，他準備運作雙首長制兩年後，再提出檢討，包括在立法院設置憲政改革委員會等。