經濟部所推行「006688工業區土地租金優惠擴大方案」,廠商進駐台南科技工業區可享第1、2年免租金,第3、4年租金打6折,第5、6年租金打8折,租金還可全額抵土地售價之優惠利多,適用期間將至98年底止,另外「工業區土地789優惠出售方案」,南科工也可以最低折扣審定售價7折出售,實施日期至99年12月31日為止,有意進駐廠商宜把握投資良機。

由於南科工緊鄰野生動物保護區且距離台南市區僅10分鐘車程,區內軟硬體設施規劃完善,除了污水處理廠之外還有防洪抽水站、焚化爐等,只要是通過審核進駐的廠商日後面臨的各項環保問題,皆可經由區內的服務中心機制處理。

該工業區可通過申請進駐的產業除既有的光電產業、生物科技與精密機械外,還包括通訊業、資訊業、軟體業、消費性電子業、半導體業、自動化工業、航太工業等,適合南部傳產業升級或轉型。

台南科技工業區在多元化產業紛紛進駐後,逐漸形成產業群聚效應,目前光電產業、汽機車零配件、生技、模具業、特用化學與太陽能產業等產業鏈相當完整,因此全方位規劃之南科工將成為國內獨樹一格的新型態工業區。