明清的台灣歷史檔案目前收藏保存單位,台灣方面主要在故宮博物院、中研院史語所與近史所。大陸則主要藏於第一歷史檔案館。中國第一歷史檔案館前身為北京故宮博物院文獻館,為明、清兩朝各類原始密檔的保管基地。

第一歷史博物館與九州出版社合作主導出版一系列台灣歷史整理,至今已出版了「台灣文獻史料出版工程」的《台灣文獻匯刊》一○○冊、《明清宮藏台灣檔案彙編》二三○冊、《民國時期館藏台灣檔案》,預計陸續完成《民間遺存台灣資料》、《海外遺存台灣文獻資料》等套書。

鄒愛蓮表示,大陸版《明清宮藏台灣檔案彙編》以翻拍、影印方式保留檔案原貌,不同於台灣以打字呈現的內容。同時更有台灣版沒有的一九六件滿文檔案,尤其集中在清前期順治、康熙、雍正、乾隆四朝,詳細記載台灣政務活動。

《明清宮藏台灣檔案彙編》橫跨明朝天啟至晚清光緒時期,其中清朝部分主要選自軍機處各種檔案、電報、來文、起居注等。內容涵蓋鄭成功收復台灣、光緒設省、甲午割讓等史事。也談到嗜吃台灣西瓜的康熙、雍正都曾在奏摺中要求福建官員進獻西瓜,以及朝廷決定將北京西瓜籽送往台灣栽種的有趣內容。

今年九月,台北故宮與第一歷史檔案館剛合作出版《康熙朝起居注冊》,為兩岸官方文化機構合作開啟先聲。