馬英九總統上任後，台日關係是否由熱轉冷備受關注，大陸對台學者、中國國際問題研究所研究員郭震遠指出，現階段日本插手干涉台灣的能力減弱，根本性原因是在綜合國力對比上，中國的優勢更加明顯，而去年馬英九執政則加速此轉折性變化，且讓台日關係下滑至一九四九年來的最低點。

郭震遠在題為《日本在台灣問題上的影響不斷減弱》專文指出，在台灣問題上，日本一直是僅次於美國的外部干擾因素，且回顧日台關係六十年走向，日本與台灣領導人的歷史淵源、日本對台灣的利益判斷與追求及其互動消長，對日台關係具有決定性影響。

對於日本干涉台灣的能力，文章認為，中日綜合國力的對比與消長變化是根本性關鍵因素。郭震遠強調指出，馬英九並無「反日」立場與政策，但他試圖在台日間爭取和維護台灣利益的作法，卻碰觸日本的現存既有利益，導致台日出現重大矛盾與摩擦，「馬英九執政加速此（台日關係轉冷）轉折性的變化與幅度」。

郭震遠在文章裡強調，從綜合國力角度看，日本與美國做為台灣問題的外部干擾因素，「實質上是有限的、且完全可能減弱的，不應該過分強調這些外部干擾因素的影響」，況日本對台影響力的減弱趨勢，也有利於中日關係的健康持續發展。