行政院日前公告「第一批領海基線、領海及鄰接區界外線」，卻未將金門、馬祖地區列入領土範圍，引發放棄金馬主權的質疑聲浪。馬英九總統昨日召集府院黨五人小組會議強調，「金馬是台灣有效統治區域，本來就應列入領海基線範圍內」，政府目前僅公布第一階段領海基線，第二階段會把金馬納入。內政部長江宜樺也說，預計一年內會將金馬納入第二批領海基線公布範圍。

行政院新聞局也發布新聞稿澄清，行政院得分批公告領海基線及領海外界線；在研訂領海基線過程中，從未放棄金門與馬祖地區。而行政院長吳敦義表示，十年前決定將金馬地區留白，應該是為了擱置爭議。

針對台灣領海基線畫定引發的爭議，馬總統昨日中午邀集副總統蕭萬長、行政院長吳敦義、立法院長王金平及國民黨副主席兼祕書長詹春柏舉行府院黨高層會議，與會高層一致認為應在第二階段納入金馬。

總統府發言人王郁琦會後轉述，府院黨高層會議認為，一九九九年台灣首次公布領海基線，當時並未列入金馬，原因是什麼不清楚，民進黨八年執政也沿用此一慣例，但府院黨高層一致認為，金馬是台灣領土，本該納入領海基線範圍內。

王郁琦表示，府院黨高層都認為，金馬是台灣有效統治區域，台灣領海基線當然應該列入金馬地區。