有媒體報導，行政院公告我國第一批領海基線，其中未包括金馬地區，引發在野黨痛批。府方昨日澄清，第二批就會將金馬畫入，並暗指民進黨執政時第一批畫分也未列入金馬。至於為何要分兩階段畫分，行政院稱，這是10年前考量兩岸特殊關係而定。

23日某親綠媒體稱，行政院18日公告修正「中華民國第1批領海基線、領海及鄰接區外界線」，但僅包括台灣、澎湖、釣魚台列嶼、東沙及中沙等島嶼，金門及馬祖則「留白」處理，未公告領海基線。民進黨痛批，這代表兩岸間有秘密協議，江陳會應立刻停止。

對此，總統府發言人王郁琦表示，內政部長江宜樺對上述議題已有清楚的說明，目前領海基線的公告只是第1階段而已，第2階段就會把金、馬納入公布。王郁琦也暗諷民進黨，公告內容把金、馬留白處理，是1999年公告的版本就已這樣做，「民進黨執政8年來，也沒有做什麼處理。」

行政院新聞局也發出新聞稿指出，依中華民國領海及鄰接區法第5條規定，行政院得分批公告我國領海基線及領海外界線。政府是在1999年公布第一批領海基線，當時就是考量兩岸關係的特殊，因此暫時沒有將金馬地區列入。目前該區仍為我國實質管轄範圍，我國在訂領海基線過程中，從未放棄金門、馬祖地區。