教育部公布我國採認大陸學歷的大學名單，初期僅承認以大陸985工程為主的41所大學學歷，看起來馬英九選舉政見之一可能會落實。但大陸學歷認證後的可能衍生問題，卻似乎無人過問。

首先是博士學歷繼續貶值的問題。台灣很多私立大學已經有部分從大陸取得博士學位者回台任教，但因為政策緣故，這些教員通常是由講師任用，或自己以論文升等方式升等。在大陸學歷認證之後，會不會產生新進入者自願降格從講師任用起的現象，引起另一波的學歷大貶值的問題，值得觀察。

其次是大陸學歷如何認證的問題。雖然這41所大學學歷採認比較沒有爭議性，但台生回台辦理學歷認證仍要有完整方案。因為諸如兩岸在撰寫論文上的風格就有相當不同，如何公平的認證，就是個大問題。

第三，海協會副會長王在希在台時，曾表示應該擴大開放學歷採認，未來或許還會有第二波的開放。台灣如果要承認大陸學歷應該更務實，拋開政治以及意識型態的思維看待大陸大學學歷。