《公務人員行政中立法》公布實施後，引發學術界強烈質疑違反人權，妨害學術及言論自由，中央研究院在社會各界關切下組成研議小組，日前向總統提出修法建議，提議把最受爭議的學術研究機構、公立學校和社會教育機構研究人員及教師排除適用範圍，同時建議把原本排除在外的政務人員列入適用範圍。

《公務人員行政中立法》六月十日公布後，引發各大學和研究機構超過三百位學者連署發表「反對虛假行政中立，捍衛言論講學自由」聲明。中研院長翁啟惠召集中研院學者專家研議後，在建議書指出，中立法的問題根源在於把「行政中立理念」與「政治參與權利」混淆，不合理限制公務人員政治參與權利，引發違憲、危害學術言論自由的疑慮。

中研院法律學研究所籌備處助研究員邱文聰指出，研議小組除了明確界定適用的公務員類別外，更建議具有特殊身分公務員，如司法人員、選委會委員、獨立機關委員、涉及國家安全、外交、情報及治安工作人員，應接受更嚴格規範。

對於備受矚目的公立學校教授和學術研究機構研究人員，研議小組不但建議應排除在適用範圍外，更建議連兼任行政主管的學者也應排除。

研議小組也認為，在政府體系中，政務人員的權力最大，如何維護行政中立更為重要，但中立法適用範圍卻未納入政務人員，反而要基層公務人員先受限制，似乎本末倒置。

邱文聰表示，政務人員雖無法避免參與政治或政黨活動，但不能因個人政黨屬性在執行職務時有差別待遇，例如給某個政黨的資源多一點；或管轄單位有職位出缺時，看黨籍、憑顏色用人，而不是依能力拔擢人才。