大陸的「十一五」規畫中，重慶市計畫投入三六○億元人民幣，打造專屬的小南海水庫發電站。然而，目前長江水能開發，已達國際認定的四○％開發極限；小南海水庫的預定位置，也侵入了長江上游惟一的國家級魚類保護區，水資源專家與環保人士對此無不憂心忡忡。

二○○○年，大陸為了彌補密集水力發電設施對長江生態的破壞，設立了「長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區」，以保護包括一一九種長江特有魚種等珍貴的魚類資源。可是就在同一年，保護區就被規畫了兩座水電站：向家壩、溪洛渡，前者位於保護區的核心位置，後者只距保護區上游邊界不到兩公里。幾乎相接的兩座水壩，使得保護區的核心，完全喪失流水生境。

根據官方資料，小南海水壩影響的保護區下游的江段達四十五公里，影響面積廣及保護緩衝區五一．九八平方公里。這麼大的生態影響，以及三百多億的投資，卻只能增加相關區域三％的總發電量，讓水利專家與環保人士大惑不解。

最早倡議保護區的大陸中科院水生生物研究所曹文宣院士，擔憂已被「掐頭」的保護區，若再被「去尾」，剩下的破碎河段，就不可能繼續提供魚類的生命通道。

所幸，每年十一月召開的保護區評審委員會，這次未將此案納入議程，不過，重慶已為此目標投注多年資源，當地居民又熱切期望解決限電問題，保護區的珍貴魚種依然岌岌可危。

對此，長江流域水資源保護局原局長翁立達表示，對長江來說，目前急需釐清六千公里長的河流，究竟能承載多少壩，而不是任由地方和發電企業各自跑馬圈水。

美國大自然保護協會前董事長哈里森則提出建議，他認為重慶上游目前動工的四個大型水電開發案，雖屬於四川與湖北省，但負責的都是三峽總公司，重慶市應思索放棄自建小南海，轉投資已開發的項目，以持股的方式享受發電效益。如此，既不用擔心用電高峰時期的限電，也能嘉惠國家級魚類保護區。