二○○三年應邀返台出任中央研究院基因體研究中心主任、二○○六年接掌中研院，翁啟惠在公開場合向來謹言慎行。尤其是有前中研院長李遠哲在二○○○年總統大選公開挺扁，捲入藍綠對立政治紛爭的前車之鑑，更讓翁啟惠成為政治絕緣體，絕口不碰政治話題。

但這並不代表翁啟惠不關心台灣民主發展，很多事情他看在眼裡、想在心裡，只是不公開說。此次接受訪問從慶祝中華民國建國百年談起，翁啟惠用字遣詞都很謹慎，不談特定政黨、也不評論特定議題，只談他所看到的問題。

「我以前從來不談這些，因為我在學術界，不應該涉及政治議題。今天我不是在談政治，只是談一些理念。」翁啟惠以此界定他的論述，但身為台灣最高學術機構行政首長，翁啟惠深知各界期待他能對台灣的政治亂象提出諍言，「身為中央研究院院長，其實有責任去談這些，只是我們的環境常會有人過度解讀。」

但翁啟惠以學術入世關心國事，他帶領中研院學者專家主動對國家能源政策、國家學術競爭力和醫療健保政策提出建議報告；親自拜訪朝野立委推動《生技新藥產業發展條例》立法，健全台灣生技產業發展環境。

《公務人員行政中立法》日前遭抨擊違反學術自由，翁啟惠跟考試院溝通，也向立委說明學界意見，並召集學者專家研議後，向總統府提出修法建議。最近則協助國科會研訂《科技基本法施行細則》草案，希望能為台灣延攬更多研究人才。