二○○四年的總統大選出現種種爭議，直到第六天，中央選舉委員會公告陳水扁當選後，美國才向當選人表達祝賀之意。不料不到兩周，當時的美國在台協會（ＡＩＴ）理事主席夏馨、外交部長簡又新相繼辭職，兩人去職原因，據稱都跟賀函事件有關。

夏馨以家庭理由請辭，有關夏馨離職的原因，美國國務院僅表示，「她想多花時間與女兒在一起」。但當時有官員表示，因夏馨數度逾越權限，未能正確履行美國的穩定台海情勢政策。也有美國官員認為，夏馨數度不遵守白宮及國務院的指令，令布希總統等人不悅。

尤其是賀函風波更是犯了大忌，二○○四年三月廿六日，中選會公告扁呂當選。在華府，美東時間廿六日中午（台北廿七日凌晨），美國政府發表聲明，一方面恭賀台灣人民及陳水扁，一方面希望台灣經由法律途徑解決選舉爭議。

不過在美國政府發表聲明的前六小時，即美東時間清晨六時許，夏馨已兩度致電駐美代表程建人，第一通詢及中選會公告事，第二通祝賀扁呂當選。程建人完整記下談話，兩人並討論如何精簡，然後程立即把此事告訴台北。美國務院認為，夏馨一方面違反行政規範，另一方面又搶在白宮賀詞之前，破壞了基本的遊戲規則，惹惱了國務院官員，成為她去職的最後一根稻草。