金廈大橋興建影響金門發展，馬英九總統對此態度開放但傾向支持，不過，行政院長吳敦義卻直接表明「目前不合時宜」。他說，若興建，成為中華民國和中國大陸領土首度接壤，會引發政治聯想。

昨天台灣競爭力論壇舉辦金門國際自由市研討會，與會的《新新聞》主編吳行健轉述，他於十一月隨吳敦義赴金門視察並進行專訪，專訪中吳敦義對金門、廈門「兩門對開」的金廈大橋興建，表達了「官方對此有其他的看法，很容易被外界賦予政治上的聯想」，因此當前不宜興建的立場。

台大政治系教授張亞中認為，政府現階段避談興建金廈大橋，凸顯「視野短，格局小」。他認為，從地緣政治來看，金門與大陸海西經濟區緊密相連，為了推動金門成為在賦稅、經濟及人員上自主開放的國際自由市，並加強金門與海西經濟區的交流互利，興建金廈大橋勢在必行。

吳敦義不支持金廈大橋的興建，但對另一個馬英九的競選承諾，即連接大金門和小金門的「金烈大橋」，他表示已責成交通部長毛治國，在二○一○年之前開始興建，避免成為只有選舉時才被提出的「選舉浮橋」。