有了八八水災的慘痛經驗,昨天地震一發生,府院立即總動員進行救災。馬英九總統分別致電閣揆吳敦義、消防署長葉吉堂與八軍團司令嚴德發,還與台南縣長蘇煥智通上話,親自向蘇確定空勤隊是否有加派直升機協助救援。吳敦義則指示,氣象局預報周末可能會下雨,距離震央較近的那瑪夏鄉、甲仙鄉及台南縣部分地區,必要時不排除撤村。

地震發生之時,馬總統人在寓所內感受到明顯搖晃,隨即要求幕僚致電相關部會了解相關訊息,各單位陸續傳回災情資訊,讓馬總統掌握進度。 十點過後,馬總統致電正在主持行政院院會的院長吳敦義,指示吳揆聯繫傳出災情的縣市首長,並要求行政院必須精確掌握災情,啟動因應機制。中午時分,馬總統取消府內既定行程,前往中央災害應變中心視察,並延後在台南縣的黨務行程,轉赴台南縣災害應變中心,掌握災情。

台南縣山上鄉的宏遠興業紡知廠發生大火,火勢直到下午都無法完全撲滅,縣長蘇煥智向馬總統提出增援直升機救火的請求,馬總統隨即以電話,指示空勤總隊增派兩架直升機,並 吳揆指出,地震一發生,他就立即打電話給台南縣長蘇煥智、高雄縣長楊秋興了解狀況。他說,根據應變中心提醒,地震可能會造成山崩,加上氣象局預報周末恐會降雨,若是下起豪大雨,就會有難以預測的風險。