马英九文教基金会邀请的陆生团4日上午前往新竹清华大学参访，于名人堂进行两岸清华交流，但一行人抵达时遭强烈抗议，呛马英九基金会执行长萧旭岑不敢拿中华民国国旗，支持与反对双方激烈互呛，採访数度被打断；下午则透过新竹县长杨文科私下安排，参访竹科探索馆、台积创新馆，顺利完成陆生团最后一天参访行程。
两岸的清华大学有深厚渊源，不过4日早陆生还未抵达时，现场已聚集数十位以清大学生为主的群眾，高举白布条、挥舞中华民国国旗，诉求「交流要平等，民主是前提」，另有数十位清大学生、民眾在场欢迎，双方一再喊话叫阵。
参访团员下车抵达清华名人堂后，现场爆激烈衝突，抗议与欢迎群眾一度推挤，萧旭岑受访发言时，数度被抗议声打断。
交流时，前总统马英九与北京清华学生步行到梅园，缅怀前校长梅贻琦，新竹清华大学前校长贺陈弘娓娓道来梅在台建校与梅园的歷史。贺陈弘说，梅贻琦生于1889年，后考取清华留美学生，是清华的校友、大学长，学成后返校任教，1931年被师生推举为校长，在大陆时期担任17年北京清华校长，包括8年对日抗战时期与北大、南开成立西南联大，担任西南联大的常务委员，实际负责校务。
贺陈弘说，梅贻琦1948年到1956年在美国负责协调处理庚子赔款清华基金事宜，1956年到新竹创建台湾清大校园，当时还建立东亚第一个教学用原子炉，至今仍在使用，直到1962年辞世。梅贻琦在两岸清华共服务46年，其中23年担任校长，是全球清华人共同的校长。
陆生团下午再前往竹科，参访竹科探索馆及台积电创新馆，新竹县府秘书长李安妤代表县长杨文科送上在地东方美人茶。陆生们在台积创新馆停留约1小时，这也是此团表定最后一个台湾参访行程，5日上午11时将搭机离台。被问到是否想再来台湾？陆生回答：「会！肯定会再来台湾。」
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