父亲离任半年之后，蒋总统于一九五九年十一月二十日传见父亲，除了为人事取舍上听取父亲的意见之外，还说：「目前你调为战略顾问，应该给你调一个实际的职务。」父亲：「敬谢之，并请不必再调。」蒋总统回答，「再说吧。」
到了一九六○年二月，有天上午经国先生突然来访，传达蒋总统的意思，拟调父亲为代理参军长。父亲十分感激，但还是表示自己有心臟病，「不能服此重务，嘱代为申谢，并代为婉辞」。 他在前一年十二月间已感到心臟不适，并到陆军总医院由丁农大夫诊治，丁大夫以后成为他的主治医师。六月下旬，第八届军事会议开幕，蒋总统亲临致辞，父亲也与会。经国先生又过来与父亲谈话：「总统又嘱咐我来见你，我给你回了，说你现在有心臟病不能工作。」 这也显示，蒋总统看重父亲的识人能力，想把父亲留在身边、随时备询；但父亲以自己确实有病婉谢。
主持国防研究院院务的张其昀先生，是父亲三十年老友；另外何浩若教授也是好友，同期同学公推父亲为学员长。一九六○年七月一日，父亲自国防研究院毕业，所写的论文〈论人才与建国建军之关系〉名列第一，毕业后被推为同学会会长，他热心会务，以致一年多后逝世，大家为了纪念他，不再推同学会会长。
他开始到士林凯歌堂参加主日崇拜，第一次是一九六一年四月的復活节；在那里他遇到张学良，西安事变二十五年来两人第一次见面，张学良同他谈了半小时，后来送了他一本《圣经》。父亲也连续请母亲的好友臺湾神学院陈竹君教授为他讲解《圣经》，以求更了解基督信仰。
父亲去世，蒋总统肯定父亲附于正气之列
父亲在世最后几年一直在服防止心血管硬化的药；他于一九六一年四月二十二日的日记写「心臟病开始」，五月起由丁大夫彻底检查，检查发现血脂肪、血糖、尿酸都偏高，身体不适的状况逐渐增加，医师要求节食，他就每天只吃蔬菜水果，身体也就瘦下来。这年十月十日，母亲随着父亲首次参加阅兵盛典，十分兴奋；十二月二十四日圣诞夜，父亲也一同去士林凯歌堂一同敬拜，这是他生前唯一一次参加圣诞夜聚会。
时序迈入一九六二年，父亲六十七岁。父亲在家过农历新年前后，每日每夜咳嗽无法安眠，大年初三丁农大夫到家里来诊治，坚持必须住院，他终于在下午住进石牌荣民总医院，路上仍然正襟危坐。住院后，蒋经国副秘书长探视，蒋总统接着来探病，让父亲情绪激动。当时任蒋总统侍卫长的胡炘大使回忆，「胡上将见领袖蒞临，跃然起坐，诉说『未能光復国土为憾』，又说『我是戴罪图功，希望做任何反攻大陆工作。』具见其敬事领袖，念念不忘以身报国……」 。医师显然对蒋总统说了真话，让他在当天的日记里写下心中的忧虑：「……访宗南病，恐甚危险为虑。」
当何应钦夫人来探视并邀母亲一同跪下为父亲祈祷时，父亲不禁感动泪下；而当他二、三十位部属连袂来病房，他竟表示自己此次恐怕如浙江家乡话所说要「死翘翘了」，但要他们全心全意帮助总统反攻大陆。他感慨的对罗列将军说：「今日何日？此地何地？领袖需要我们，国家需要我们，反攻復国的事业需要我们，而我竟卧病床褥……」我当时就在病榻旁亲闻父亲讲话，但这些部属沉默了，想是因为耳闻父亲不祥之言而受到衝击，最后还是罗列将军低声地劝父亲安心休息养病后鱼贯辞出。主治医师认为病况有好转的迹象，告诉母亲，几天后应该可以出院；然而情况急转直下。
十四日凌晨三点，父亲心臟病突发，他惊叫，旁边以前的部属袁学善探视，叫他已然不应，医师为他注射强心针并且用氧气面罩，母亲当晚因为我重感冒、发高烧而返家照料，接到通知回到医院，并在张静愚夫人协助下，请住在医院附近的谢牧师为他施洗归主，但父亲已陷入弥留，三点五十分逝世。（待续）
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