疾管署编列明年预算高达845亿元，不仅为今年预算187亿元的4.5倍，也是史上最高。事实上，国境即将解封，指挥中心都喊出要与病毒共存，明年防疫需要这么高的花费不无疑问，疾管署甚至大言不惭的说，与今年相比，明年编的预算还比今年少98亿元。问题是，一般预算与特别预算各有不同目的及属性，两者竟可以这样相减，疾管署为了掩饰自己不当编列预算，已顾不得鱼目混珠、胡言乱语，不觉汗顏。
2020年新冠肺炎疫情发生，政府为了防疫所需编列特别预算一路自600亿增加至8400亿，其中用于真正防疫仅有2000多亿，高达6000多亿被用于纾困及振兴经济。10月13日国境将採0+7解封，包括学者均表示指挥中心可以退场，但指挥中心以各种理由拒不退场，甚至搬出没有指挥中心，疫苗及药品EUA会失效等荒唐理由，结果遭外界戳破，无非是为了还没有用完的特别预算，未料，这笔预算还没用完，疾管署明年又编了一笔845亿元，令人咋舌。
疾管署解释，主要是因为防疫特别预算今年底会用完，加上明年没有特别预算，为了明年防疫需求，所以才会编这么多预算。但明年的需求是什么？疾管署并未提出预估，且细看在845亿元当中，防疫物资及药品徵用即占了276亿元，疫苗採购检验等也要花到250亿元，莫非疾管署是以疫情高峰来做预估，目前新冠肺炎有99%为轻症，且有流感化趋势，如此高估防疫预算，与指挥中心喊出要与病毒共存，完全背道而驰。
既然新冠肺炎目前未降级加上指挥中心仍一级开设，相关防疫经费即应由特别预算支应，而不是编入一般预算规避便宜了事。另845亿元是依照何等疫情规模来估算的？疾管署亦应一併对外说明，这些都是民眾纳税的血汗钱，不是疾管署闭门自己编了就算。
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