台北市环南市场之前进行大规模PCR筛检且41人呈现阳性，显示有群聚感染疫情，指挥中心在2日宣布与台北市府共同成立联合前进指挥所，而医福会执行长王必胜担任前进指挥所指挥官。而北市长柯文哲被问及「中央接管北农」一事时则回应，「什么叫接管？要怎么接管？」「我跟你讲，你下次去访问王必胜，我讲的话不算数，请他说出对北农有什么贡献？」
本土疫情爆发后，柯文哲在处理疫情表现不错，民调支持度升高，但在发生好心肝事件、批发市场群聚感染，支持度也受到波及。
柯文哲接受节目《新闻不芹菜》专访时指出，好心肝事件本来就是管理不良，我们都吓一跳，疫苗怎么这样发的，还有就是到高点有破口一定掉下来，环南市场当时被骂到一蹋糊涂，事后去看，有办法解决实在太厉害，教科书都没有批发市场感染源，在环南市场、北农事件是又盲有聋，国家跨县市疫调是有问题的，疫调不能用居住地县市政府单独负责。
对于卫福部长陈时中带队要接管北农、环南市场，外界认为是有政治动作，柯文哲说，「什么叫接管？要怎么接管？每个动作都是我们要执行，他来要要怎么接管？你说那个每天开联合指挥所，拜托，每一个会议纪录是谁执行？还不是我们要去做，你来也是看一看、讲一讲话」。
节目主持人黄光芹追问，「您认为没有实质效用？」柯文哲回应，「我跟你讲，我讲的话不算数，你去访问王必胜，请他说出他对北农有哪些贡献？让他自己讲」；至于环南部分，柯文哲认为，「还不是一样！请他（王必胜）自己去讲！每个口令都是我执行的，你要怎么接管？你告诉我，中央要派人来吗？」
柯文哲进一步说，「从市场处到环保局，反正每个局处都是我们同仁的，且北荣也要我们联络，我是亚东医院院长朱树勋的学生，我自己去拜托我的老师来救我，不然不到2天时间要做1.1万份PCR，要怎么做？」
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