對此，國民黨當局極為惱怒，遂秘密策劃，指派台灣黑社會「竹聯幫」分子於1984年9月潛往美國，經過密謀策劃後，於10月15日在江南住處附近將其槍殺。此事一傳開，立刻震怒了海內外全體華人社會，各界紛紛發表談話或舉行集會，同聲譴責這一慘無人道的暴行，一些在美國的江南生前友好及主持正義的華人學者，還成立了「為劉宜良伸張正義委員會」，要求有關當局徹查兇手。
而調查發現，竹聯幫頭目陳啟禮和台北「國防部情報局」曾數次通電話，蔣經國的次子、與台灣情治系統過往密切的蔣孝武牽涉其中。台灣當局在「江南命案」事實真相大白於天下之後，被迫改變「不承認」態度。但為逃避罪責，又改採「舍車保帥」手法，諉罪於台灣情治單位，判處了「國防部情報局長」汪希苓等人徒刑，並法辦了具體執行這一罪惡行徑的殺手陳啟禮等人。
這一事件始終未能徹底查清，但仍給國民黨當局以很大打擊。蔣經國曾在國民黨中常會上表示，對這一案件所產生的惡果「很感痛心」。通過這次事件，使許多人看清了真相，也使國民黨失去了更多的人心。國民黨的處境從此更加孤立和困難。《聯合報》曾發表社論說道，國民黨派人殺害一個作家，這「是悖離常理的事」，也是「不可思議」的事，謀殺「事實本身」，已「對台灣當局形象與利益構成嚴重傷害」。《自立晚報》也十分不滿地說，既然如此，「還談什麼民主憲政？」
這個事件的直接後果，就是蔣經國傳子部署受阻。江南命案發生後，美國及台灣地方勢力抓住蔣孝武為謀殺事件的主謀，明裡暗裡給蔣經國施加壓力，反對他的傳子部署。海外報紙報導：「美國勢將振振有詞反對蔣孝武接班，並以此要挾予以抵制。」島內錢思亮之子錢煦等「中央研究院」10名院士聯名通電蔣經國，要求蔣經國嚴懲真兇，他們表示，一旦「國府」輕縱，他們將不惜登報，公開宣布放棄中央研究院院士身份。
此時，王世憲等16名院士已分別攜帶有關江南命案的證據陸續返台，並推代表要求晉見蔣經國。蔣經國以「身體欠佳」為由，令李登輝予以接見。王世憲等人明告李登輝「紙包不住火」，希望蔣經國能「壯士斷腕」，還有人直接要求蔣孝武應對江南命案有所澄清和交代。
江南命案後，蔣孝武靠其父蔣經國「護犢情深」而逃過一劫，卻全然失去父親的信任——蔣經國將他遣去新加坡，請好友李光耀代為看管。蔣經國的弟弟蔣緯國1996年接受了陶涵的採訪。當被問及蔣孝武是否涉嫌江南案，蔣緯國回答說：「是的，有可能。」蔣氏家族的獨裁暴政直到江南案後才告終結。江南奉獻生命與鮮血，「化作壓死暴政的最後一根稻草──證明蔣中正、蔣經國父子的政權，已墮落為赤裸裸的多行不義的權力。」且由於江南事件影響甚大，蔣經國傳位蔣孝武的如意盤算就這樣泡湯了。
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