檢調指出，前中華開發董事長劉泰英曾主導中華高鐵聯盟與台灣高鐵競標，對高鐵財務規畫及政府決策應有一定了解，為能快速突破案情，檢調考慮提訊他協助調查。
台北地檢署針對台灣高鐵可能的弊端，已成立專案小組偵辦，除向台灣高鐵調卷外，並研擬偵查計畫。目前鎖定六大區塊疑點清查，包括高鐵路線選定、運量估計、選商、議約、工程招標、政府投資等。
檢調指出，台灣高鐵於八十六年九月取得優先議約權，但高鐵規畫路線（包括場站選定）早已由政府決定。但高鐵沿線場站不乏選在偏僻地點的例子，像台中站選在烏日，而非地方人士看好的中港交流道附近。是否涉及圖利特定財團或地方人士，有待調查。
有關運量估計，當時交通部委託顧問公司評估，每日運量從十八萬人次至廿八萬人次不等，高鐵現在實際運量不過八萬五千人次左右，導致營收與預期出現落差，檢調將追查是否有高估運量等人謀不臧情事。
選商方面，台灣高鐵以政府零出資等優異條件，打敗政商實力雄厚的中華高鐵聯盟，取得優先議約權。但台灣高鐵虧損嚴重，財務結構一再引發社會質疑，當初交通部及甄選小組為何選定台灣高鐵，有無外力介入影響選商，是後續偵辦重點之一。
政府一再追加投資，包括行政院開發基金、台糖、航發會、中技社都曾挹注高鐵資金。這項決策是否涉及圖利，或為維持國家重大交通建設的行政裁量，也是偵辦重點。
議約過程中，台灣高鐵與政府達成協議，由政府保證，銀行團因而同意聯貸融資，決策流程是否涉及弊端，亟待釐清。另在場站及聯外道路用地部分，涉及土地徵收，檢調不排除有財團預先收購土地，再以高價轉賣情事。
工程招標方面，外傳五大原始股東當初僅出資近三百億元，卻標下八百億元的土建、機電及土方等工程，招標過程是否完全合法，有無自肥，都待釐清。
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