檢察官在起訴書中，直指徐國士擔任教育部一級機關主管，卻不知戮力從公，反而因個人私心貪欲違法舞弊，造成國家公帑損失，犯後猶掩飾犯行，毫無悔意。
檢察官調查，徐國士從八十七年十月擔任科教館長，就私心任用昔日大學熟識同事黃瓊堂擔任秘書，並利用黃報恩心理，在遷建新館工程上隻手遮天，貪贓枉法謀取私利。
徐國士除利用職權違法與國外廠商解約，造成工程款八千萬元的公帑損失；又違法規避採購法令及洩漏採購資訊，圖利特定廠商，並聯合廠商綁標、圍標、浮報工程款及收取回扣。
檢察官發現，徐國士利用綁標由活躍動感公司、太孚室內裝修公司分別得標承做「４Ｄ體驗劇場」、「展覽區設計及施工」，再將原規畫案改為靜態展覽館；設計及施工費一億三千萬元浮報達一億五千萬元；「兒童玩具箱」八千萬元浮報為一億元。
更誇張的是，連播放的４Ｄ動感影片也從中牟利，利用規格綁標，硬將兩部影片交特定廠商製作，數百萬元的製作費浮報為兩千萬元，從中收回扣。
檢方指出，徐國士為行其貪汙索賄犯行，對外都假親密友人兼樹茂工程顧問公司負責人董素貞之手，因此對董女也具體求十五年。
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