檢察官陳明進認定，許陽明特別費中另一半需發票核銷部分，從九十一年至九十四年間，被發現個人使用八十二筆，連就任前、卸任後的發票也拿來核銷，連太太管碧玲消費發票也拿來核銷，外加隨扈、秘書提供發票，總共一百卅筆發票均有問題。
檢方調查的許陽明需發票核銷部分特別費，一百卅多筆核銷單據中，食品、禮品、餐飲、藥品、住宿等琳瑯滿目，其中還包括民國八十九年八月十五日到九十年一月廿九日的三筆禮品、快遞開銷，但當時許陽明卻還未到台南市府上班。
檢察官對許陽明特別費分析很仔細，例如九十一年九月十八日，晚上九點十一分在北投中央南路一段用餐，當晚九點廿四分已在文林路買禮品，同年十月十日，下午二點零八分在北投路二段用餐，下午二點廿一分在北投中央南路買禮品。檢察官以被告十幾分鐘，怎能趕兩個地方，質疑被告有貪汙犯意。
至於提供單據讓許陽明報銷的秘書王筱方、隨扈黃紋崇，也均被依貪汙治罪條例起訴，不過檢方有請求法官對兩人從輕量刑。
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