另外，台灣高等教育評鑑中心執行長陳振遠表示，台灣研究所普遍出現：博士班與碩士班開同一套課程，博士班缺乏核心課程，甚至出現3位老師就成立一所的情形。
但對於此說法，大多數教授認為，是教育部審查太嚴苛。以經濟學科領域為例，碩士班跟博士班都同樣會開個體經濟和總體經濟的核心課程，但不能因為開設課程的名字一樣，就斷定碩、博士班開設同一套課程沒有區分。因為，所教授的內容會因為開設班級不同，老師所指導的內容也會有深、淺的差別。
而攻讀美國研究所的學生，其所學本來就比較廣泛，有外交、政治、軍事等，不能就因此就斷定這個所缺乏核心課程，應該看學生對哪方面較有興趣而定。
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