國防部次長黃奕炳指出，因應芭瑪颱風來襲，國防部將縣市災害應變中心指揮官官階由原本的少校、上尉層級提升至中校，提高研判及相關組織協調能力；另各重點區域鄉鎮市也派駐聯絡官，以期透過後備系統直接掌握鄉鎮地區災情，減少災情誤判。
在全台軍力部署部分，全台加上離島地區分為五個作戰區，動員兵力三四五八四人。另有第一應變隊兵力八百人、第二應變隊兵力一千兩百人。
其中，第一作戰區負責澎湖群島，兵力一○二一人；第二作戰區負責東部地區，兵力二三八七人；第三作戰區負責北部地區，兵力一二七九五人；第四作戰區負責南部地區，六四九七人；第五作戰區負責中部地區，兵力七七六五人；金防部兵力一九八七人、馬防部一四八○人、東引指揮部六五二人。
水災及土石流高危險地區的前推兵力，第二作戰區一八九五人，第三作戰區三一六○人，第四作戰區一四七八人，第五作戰區一二二六人。
為因應通訊中斷造成災區孤島效應，國防部亦已派遣特戰隊進入包括高雄縣那瑪夏鄉民權村及苗栗縣、台中縣、南投縣嘉義縣等山區派出所，共十六處預置地點，預置十七組、一○二名兵力。
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