吳敦義坦言，過去擔任立委期間，他有注意到「變相肥貓現象」，有些部會首長在政府出資輔導成立的財團法人或者基金會任職，雖然工作量、重要性較低，卻領取比部會首長、縣市首長或國營事業董事長、總經理還高的薪水。
他指出，這些肥貓變相領取雙薪做法，不僅讓立法院預算中心及國人都覺得不允當，行政部門也應檢討。
吳敦義強調，這段時間雖忙於救災復建、預防災害，但他原本就準備要在立法院備詢時，綜合聽取意見並通盤檢討，如有不合理地方，應勇於改進。
「政府肥貓」引發爭議，行政院長吳敦義四日指出，部分部會首長在政府主導的公司、財團法人等社團任職，工作量及重要性低，卻變相領取高額雙薪，行政院將全面檢討，並勇於改進不合理的地方。
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