健保虧損嚴重，引爆調漲保費爭議，立法院預算中心評估報告認為，衛生署推動「醫藥分業」導致增額支出約新台幣一百一十億元，且未以公務預算支應，卻轉嫁全民健保，不僅於法不合，更是健保虧損及加重保險負擔的元凶之一。
預算中心還認為，中央政府九十九年度預算專案補助北、高兩市繳納勞、健保費欠費，相關補助獎勵金額龐大，事涉全國納稅人民的負擔，不符法制且有欠公平。
預算中心評估報告指出，健保從民國八十四年開辦以來，安全準備金不僅用罄，且尚不足約新台幣三百八十九億元；而自「醫藥分業」實施以來，從民國八十六年至民國九十五年六月底，已累計差額給付約一百一十億元，「實已加速健保財務虧損，且加重保險人負擔，核有未當」。
預算中心指出，立法院已決議九十七年度起健保不得再支付此項費用，衛生署迄今未編列公務預算支應，已違反立法院決議，宜依法及立法院決議回歸衛生署所屬權責機關編列預算支應，以符法制。
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