但更重要問題關鍵是，南水北調各方利益難於平衡，同時也沒有合理的談判機制。由於中國政府的調整改變，現在在中國境內要進行資源的跨地區分配，已不再像過去計畫體制下那樣方便──上一級政府對下一級政府擁有巨大的支配權，可以把自己的規畫強加給下級政府，把資源在下級政府之間來回調撥。
《中國新聞周刊》認為，談判難度的增加其實亦是社會進步的表現：民眾敢於大膽主張自己的利益，不會聽任地方政府隨意處置，而地方政府官員也具有強烈的地方利益意識，對上級政府要求自己付出的代價不再輕易順從。在這種情況下，中央政府應當依託現實、創新思維，尋求尊重地方權利和利益、民眾權利和利益的跨地區資源配置機制。
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