貝殼廟主祀濟公，工作人員說，原本是三重富福社濟公的信徒，沒有固定廟宇，信徒輪流將濟公請回家供奉，十多年前，濟公指示想要安定下來，連地點都自己選好，指定在三芝。
建廟時，濟公又有了指示，希望能蓋得像海底景觀，原因是濟公曾下凡懸壺濟世，卻有個不肖弟子偷走藥單，開高價又害死病人，玉皇大帝很生氣，遷怒濟公，怪祂管教不當、督導不周，於是把濟公關到海底360年。
後來，因現任主任委員李樹欉以濟公名義作善事，玉皇大帝才讓祂提前釋放。工作人員表示，濟公起乩時說想念海底世界，所以希望能蓋出海底主題的寺廟。
雖然沒有高級木材、精美石雕與龍柱，貝殼廟建材價值也不斐，呈現不一樣的華麗看頭，整座廟被珊瑚、貝殼、瑪瑙包圍裝飾，香爐、龍柱、壁飾全都是貝殼；十八羅漢洞裡頭全是白色珊瑚，洞內窄小，要小心被珊瑚刮傷。
廟蓋得奇特，每到假日人潮眾多，廟方決定搬到富基漁港附近，現已動工，預計2010年完工。工作人員表示，明年要開始拆掉老廟的貝殼珊瑚，搬去新廟搭建，想看老廟原貌的人要趁早。
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