首先，參加重劃之地主必須分擔農、水路土地及重劃工程費用，由於重劃區範圍尚包括周邊非災區農田，如要達到過半數地主同意之辦理門檻並不容易。其次，辦理農地重劃作業期程冗長，至少須花費一至二年時間始能完成，期間農地出租人如中止租約，承租人將失去耕作農地，而喪失領取休耕補助資格，導致生活陷入困境。
再者，農地重劃完成後，土地使用分區將由一般農業區改劃為特定農業區，並限制地目變更作為農業產銷設施及社區活動中心使用，影響地方社區發展甚鉅。政府何妨考慮以農、水路改善工程並搭配農地整地工程方式解決農田流失、埋沒問題，此舉不僅可提高地主配合意願，亦可縮短作業期程。
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