林清富表示，中興大學生命科學系長期在高美野生動物保護區，進行溼地微生物相等監測，發現高美溼地具有豐富的菌相，微生物群落相當完整，與碳、氮、硫、鐵循環相關的各種微生物群，可說是生態系中微生物相生產力最高區域。
生命科學系分析二○○六年與二○○七年監測結果，發現二○○七年的太古生物相與細菌相的多樣化，均遠低於二○○六年，尤其在細菌相的多樣化部分更是顯著低；二○○七年的細菌相，沒有測到二○○六年偵測到的纖維分解菌。但人類及家畜類共通病原菌Arcobacter，卻成為大部分樣區的主要優勢病株；另外二○○七年樣區太古生物相，也發現能將氨氧化為硝酸的Nitrosopumilus SCM1遍布且占相當優勢，是二○○六年高美溼地太古生物相所沒有的現象；研究人員懷疑可能是人為汙染造成的氮營養源不平衡。
林清富指出，高美溼地的微生物相中，以人類及家畜類病原菌Arcobacter的優勢分布，可能會造成腸胃炎與腹瀉，尤其每逢假日常有兩、三千人來此抓招潮蟹等親水活動，為避免遊客感染，該處將在保護區豎立警告標示牌。
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