吳密察表示，過去研究台灣史只能參考一九六○年代由台灣銀行經濟研究室編輯出版的《台灣文獻叢刊》，當時只有約四千萬字資料，經過這次計畫，擴增為一億四千萬字，足足增加了一億字。
從光緒十年到宣統二年這廿多年間，台灣發生了什麼事？最新出版的《台灣史料集成：明清台灣檔案彙編》第五輯中，清朝軍機處的洋務檔及議履檔首度被整理出版，在這些珍貴檔案中，可見台灣被割讓給日本的命運就在字裡行間被決定；時任中國海關總稅務司的英國人赫德私下和駐倫敦辦事處主任金登幹的電報往來，評論當時清朝政策及國際情勢，相當特殊。
共5輯110巨冊完工 史料大集成
《台灣史料集成》計畫發起人、成大台灣文學系教授吳密察表示，台灣史近年被稱為顯學，但可供參考的史料少得可憐。所幸台灣相關官方檔案因清代的奏摺制度被保留下來。這些以往只能在兩岸故宮檔案室、中國第一歷史檔案館查閱的祕檔，終於完整呈現在世人面前。
《明清台灣檔案彙編》第五輯記錄著中日戰爭及中法戰爭等重大事件。西元一八九四年甲午戰敗，從奏摺上可看到謝雋杭等大臣上奏朝廷，要李鴻章、李經方父子負責到底。最後官方決定派李經方前往辦理割讓，李鴻章怕李經方有生命危險，替兒子請病假。
對這件事，軍機處特別以電報叫李氏父子別亂來，公文寫道：「電李鴻章，李經方因病解差，已奉旨，仍令迅速前往，…如自固辭，必干嚴譴，甚勿率行瀆請。」用辭相當嚴厲。
李鴻章敢怒不敢言，只把感覺告訴與他有私交的美國前國務卿科士達。科士達在日記上寫道：「傍晚得到北京的通知，已任命李經方為全權委員。總督（李鴻章）對此非常生氣和吃驚，這表明北京感興趣的是把人們對條約的全部憎恨都加在他和他的親屬身上。」這段經過完整呈現於《明清台灣檔案彙編》。
中日、中法戰爭 經過完整呈現
發生在一八八三年至一八八五年中法戰爭，是清朝與法國為越南主權而爆發的戰爭，戰場延伸至閩浙沿海及台灣澎湖，雙方雖各有勝負，最後仍簽下不平等條約。
中國海關總稅務司的英國人赫德發給和駐倫敦辦事處主任金登幹的「私人電報」顯示其中的不尋常。赫德表示，「法國在基隆、福州的行徑，我只能稱之為一連串惡毒的、不必要的、不公正的、毒辣的屠殺，我深信老天將給他們報應。」
對之後的中日甲午戰爭，赫德也發表不少評論，更用刻薄字眼罵日本人，像是「矮小好鬥的日本公雞引吭鳴啼…，這些會拍馬屁的矮機靈鬼裝作是開玩笑，而教練日本像公牛那樣橫衝直撞的，是崇拜他們的美國佬。」
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