文建會主委黃碧端才請辭，馬英九這一聲令下，讓代理出席的政務副主委張譽騰難免尷尬。況且國藝獎的執行單位是財團法人國家文藝基金會，它並非文建會直屬機構，每年預算來自文建會捐助基金的收益，金融風暴讓國藝會捉襟見肘，哪有多餘預算增加獎金？國藝會董事長黃明川指出，獎金若要提高，得請文建會以捐助方式，給予國藝會支援。
巧的是，文建會年度預算前天才報請立法院一讀，未來要以何種名目增加預算說服立法院，的確不易。再者，文建會執行的行政院文化獎，獎金也是六十萬，如果國藝獎金依照馬總統指示加碼，行政院文化獎是否也得照樣辦理。馬英九這份美意，可讓相關機構大傷腦筋。
馬英九在致詞中，推崇六位國藝獎得主的成就。他表示，王大閎是台灣建築界的元老，他的作品國父紀念館，尊嚴而不華麗，渾厚但不輕巧，貼近詮釋國父的性格。馬總統面對台大教授王文興，直說他的作品實在不太好讀。而對於陳界仁的作品，馬英九有所感，「爭議不少，震撼不小。」他說，台灣已發展出有別於中國大陸、具有台灣特色的中華文化。
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