陳聰明在前總統陳水扁任內獲提名為檢察總長，過去一年來，他在偵辦扁案的過程備受質疑，法務部長王清峰公開表態要陳聰明下台，外界持續關注馬總統的態度。
馬英九今年七月出訪巴拿馬時，被問及檢察總長是否適任時曾表示，「我沒有著力點可以免他的職」，是否訂定退場機制，他則強調「可由政院、立院進一步研究」。馬英九說，制度是否需要調整可以討論，但在沒有相關法令規定之前，他不可能在這個時候公布對陳聰明的好惡，或是採取其他任何強制的手段。
馬英九表示，當初設立特偵組是大家的共識，「特偵組的確很努力，他們的表現見仁見智」，檢察總長陳聰明基本上受到任期保障，「至於目前是否已構成他的去職理由，大家可以來討論」，但絕不宜由總統來表達，「陳總長也許有些作為不盡滿意，但案子總是辦出來了」。
馬英九認為，制度面（檢察總長的退場機制）上可以檢討，但徒法不足以自行，實施或適用這個制度的人，本身的認知也許和他人不同。「比方說劉院長（前行政院長劉兆玄）可以不為八八水災辭職，他都這麼盡力了，然而他的認知就是如此。」
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