預算中心針對國安局九十九年度預算評估指出，國安局二位副局長及主任祕書以下的情報、幕僚單位主管人員待遇，未直接涉及國家安全情報核心事項，且同為法定、不具機密性，應該公開預算編列。
此外，令人詬病的，國安局九十九年度訓練經費編列四千六百四十八萬元，較上年增加八百三十七萬七千元，其中包括國內旅費，有違節約原則。
預算中心強調，因為國安局把訓練計畫項目下的國內旅費，做為參訪、見學之用，後來被預算中心質疑後，以後的預算書，即將「參訪」、「見學」字眼隱而未提，改為「辦理各項專業教育訓練」，但經費用途從未改變，且也隱藏相關參訪費用，項目及數額則不明。
預算中心指出，國安局曾發生訓練經費用於參訪與業務無直接相關的景點，幾乎遊遍各國家公園景點，經費應予刪除。
此外，預算中心指出，九十八年度特勤中心侍警衛人員勤務獎金支給要點修正後，國安局除總統府主導的侍衛編組外，也將警察任務編組、武裝任務編組、便衣任務編組人員全數納入獎金支給範圍，勤務獎金支給對象大幅增加四、五百人，獎金金額增約三千多萬元，根本是變相加薪。
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