醫學系評鑑分「全面評鑑」與「追蹤評鑑」，除剛成立的馬偕醫學院免受評鑑之外，其餘全國十一所醫學系均需接受評鑑。
國內大學醫學院評鑑由教育部委託高等教育評鑑中心所屬之獨立運作單位「醫學院評鑑委員會」辦理。醫學系評鑑自九十年開始，開始只有台大醫學系過關，之後其他醫學系陸續跟上。
九十四年起，教育部推動「醫學教育六年改進計畫」每兩年對全國十一個醫學系評鑑一次，分近程、中程、遠程目標評鑑。今年遠程目標評鑑訪視期間自十月七日起、至十二月二十二日止。
醫學院評鑑委員會成員包括陽明大學校長吳妍華、中央大學認知神經科學研究所所長洪蘭、中央研究院院士陳定信、教育部醫學教育委員會執行秘書賴其萬等人。
評鑑並不給等第，但以受評單位是否能依設院宗旨達成卓越境界，為病人與社會服務，作為評鑑的標準。
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