翁啟惠自二○○六年十月接掌中研院以後，堅持跟政治畫清界線。首次籌備會議結束後，朝野各界對百年國慶到底要慶祝什麼，再度引發藍綠爭議，翁啟惠接受本報專訪時，首度談到百年國慶觸發的政治議題。
「一百年前還是清朝的皇帝時代，成立中華民國真正的目的是要民主化。」他指出，從過去百年的歷史演變，推動民主化過程雖然還有改善空間，「但我們已經在台灣實現民主化，大陸還沒有，民主是台灣與全球華人社會和大陸的最大區隔。這就是我們要珍惜、且值得慶祝的台灣經驗，才是真的台灣價值。」
「我覺得百年國慶要慶祝『今天的台灣』，從各層面去看所謂的台灣經驗，及台灣價值，找出大家共同接受的『內容』慶祝。」翁啟惠舉例，從政治角度看，民主化最有價值，不能說要慶祝一百年，但出來的內容有爭議，就不值得慶祝！翁啟惠語重心長地說，百年國慶除了慶祝「今天的台灣」，也要檢討過去展望未來，「展望未來一百年的台灣，我們必須找出共同目標，才有自信往前走，我覺得這是未來百年面臨的最大挑戰。」
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