陳心怡涉案是因高檢署查黑中心於九十五年間，偵辦吳淑珍貪汙國務機要費案而傳喚陳鎮慧，陳鎮慧在應訊前告知陳心怡，若一去不回（指遭到羈押），就把櫃子裡的文件燒掉。事實上櫃子裡的文件，就是九十四年度國務費核銷的原始會計憑證。
因此，台北地院九月十一日針對前總統陳水扁等人貪汙案宣判，同時以陳心怡等人涉及貪汙、偽證、湮滅證罪為由，向檢方提出告發。
陳心怡昨天到案後，說詞與在台北地院的講法相同。她辯稱是受陳鎮慧之託，看到陳鎮慧被傳喚許久還未回來，因此就以備用鑰匙打開陳鎮慧的櫃子，並找來辦公室另一幕僚陳慧雯，把櫃子內的文件拿去燒掉，但她只負責打開櫃子，沒看過櫃子內的文件，實際執行燒毀工作的是陳慧雯，陳心怡辯稱不知文件內容。
檢方當庭質問陳心怡，她是總統辦公室專門委員，是十職等官員，為何聽出納的話行事，陳心怡則辯稱，是基於同事情誼才去做。
檢方認為陳心怡的辯詞不合常情，懷疑前總統府內有更高層人士指示湮滅國務費案罪證。
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