選戰期間，對手陣營攻訐，以田中農會一案大作文章，接受專訪時，卓伯源不願再回應，只說「文宣都講清楚了」；至於員林一八四公頃都計案，卓伯源也說「成果做出來，民眾就會了解了」。
他很清楚這是選舉期間必須承受的忍辱功夫，但民眾看一個政治人物是看長期的觀察，他從政多年，一直站在清廉改革的正確道路上，已建立起民眾對他的信心，不論對手如何中傷造謠，民眾都會不相信，而日後也證明這些指控根本是子虛烏有。
對手也指控他妻小都住在台中，質疑他無心當好彰化縣長；卓伯源說，他太太願把先生捐出來為彰化縣服務，自己辛苦工作帶小孩，何錯之有？最重要是彰化縣民隨時都可以看到他這個本尊，不是分身，如此投入縣政，跟住在那裡有何相干？
被質疑「人和」問題，卓伯源認為是對手分化的伎倆。他說自己一向好人緣，不信可以去立法院打聽，他與縣籍立委也一向交好，配合得很好，立委們遇到他，也都表示縣府有問題，他們很樂意幫忙，而他也非常謝謝立委們的協助。
總結這些指控與質疑，他認為從易經、佛學來看，很多事都是一體兩面，譽滿天下，才會謗亦隨之，就好像有陽光就有陰影，這是必然的現象。
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