1997年修憲後雖明定大法官任期「交錯任期制」,但實際運作常因大法官去職,遞補的大法官任期重新計算為8年,導致前總統馬英九、蔡英文總統任內提名任命超過大法官總額三分之二。公民監督國會聯盟理事曾建元表示,大法官就任後,憲法規定不得連任,不用奢想得到總統青睞,因此不用擔心大法官行使權利受到政治干預。

2003年前總統陳水扁一共提名15名大法官,分別為8名任期4年、7名任期8年,希望以此建立大法官選任制度每4年汰換一半的權力制衡機制。

2007年陳水扁本來應提名8名大法官,但國民黨在立法院為多數黨,民進黨受限於朝小野大,最終只通過4名大法官,其餘4名則遭封殺。

大法官任期發生錯亂是起源於2008年前總統馬英九上任後,由於前大法官彭鳳至轉任最高行政法院院長,加上先前4名懸缺,馬英九總共提名5名大法官,任期8年,直到2016年才卸任。

此外,2010年台灣高等法院發生法官集體收賄案,時任正副院長賴英照與謝在全請辭負責,馬因而提名賴浩敏、蘇永欽接替,不過,賴、蘇兩人隨著政黨輪替請辭,這也是蔡英文總統2016年提名7名大法官緣故。

對於大法官任期交錯制度失靈,公民監督國會聯盟理事曾建元表示,他認同個別任期制,大法官就任後,憲法規定不得連任,若是補足任期一年或兩年,就經驗累積欠缺完整維護憲法的責任;總統任命大法官有時碰到11個,只是歷史偶然。

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