為避免出現相關人員利益輸送問題,立法院也通過5項附帶決議,主要包括在設置條例施行後五個月內,訂定利益迴避相關規定;相關採購不再適用政府採購法,因此要在三個月內制定採購規章,送科技部備查。對於升格為行政法人後的發展方向,科技部表示,首要工作是由遴選董監事會成員,相關工作由董事會核定後推動。未來計畫增加到600人,會在新竹地區尋找擴編後所需辦公場所和總部位置。

國家太空中心設置董事會,董事11~15人,由監督機關遴選提請行政院院長聘任,董事包括政府機關代表、太空領域研究學者、民間企業專家,政府代表不得超過1/2。設置董事長一人,由監督機關提請行政院長聘任。科技部長吳政忠日前表示,起步階段,考量民間尚未有那麼多太空人才,因此政府代表比例會較高,可考慮十年後進行調整。

國家太空中心升格後,監督機關是6月將掛牌的新國科會,經費來源是政府核撥與捐助,及來自國內外公私立機構、團體和個人的捐贈。

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