台北、高雄都有欠費，原因不盡相同，台北市因外來工作者多，但設籍地未必在台北市，過去健保費用由政府補助的部分，針對這群非設籍北市的工作者，認為由北市府負擔有爭議，至2012年為止，欠款高達608億元。
2012年二代健保上路，政府補助費用改由中央負擔，市長柯文哲積極還款，已提前於去年9月全部還清。
高雄市欠款是設籍人口的政府補助未繳，自1996年至2012年，高雄市累計健保欠費近664億元，高雄財政困難，還款情形不穩定，去年還款29億元，至去年11月，尚欠費近87億元。
高市府目前有位於苓雅、小港、燕巢、新興等行政區的49筆土地，由行政執行署查封抵押給健保署。
面對沉重的各類債務壓力，如何償還巨額債務，是執政20多天的韓市府頭痛又難解的問題，也是市長韓國瑜一直高喊要政治零分、經濟一百分的原因。
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