近期因衛生福利部桃園醫院群聚感染擴大，也讓2003年因SARS爆發導致和平醫院封院爭議，再度成為藍綠的論戰焦點，其中，時任台北市長的前總統馬英九遭指是當年決定封院的元兇，但馬英九辦公室25日稱封院是「中央下令，地方執行」。對此，時任行政院長的立法院長游錫堃今(26日)出面駁斥，「要請馬前總統講話要憑良心，不要動不動就批評別人，把責任都推給中央」。
前台北市衛生局長邱淑媞日前在臉書直指，中央流行疫情指揮中心面對院內感染的醫院，應採「不進不出」而非「只出不進」，遭網友批評灌爆後緊急關閉；遭指為2003年SARS時決定和平醫院封院的元凶的前總統馬英九，昨天透過辦公室表示，當年防疫決策模式由「中央下令，地方執行」。
馬辦還說，2003年4月24日上午，行政院邀集衛生署及北市府召開緊急會議，會中達成暫時關閉和平醫院的共識，並由當時的行政院副院長林信義、衛生署長涂醒哲、台北市副市長歐晉德在行政院召開記者會，共同宣布和平醫院封院。
在2003年擔任行政院長的立法院長游錫堃，今在立院還原當年狀況時提到，和平醫院要封院前，馬英九沒有跟他報告，完全不知道這件事，「我覺得馬英九先生講話要憑良心，當年事前根本沒有跟我報告，我根本不知道，等到他封院後，中央才要做危機處理，所以我在第二天馬上就召見他，那時候還為了保護他，還約到官邸秘密地了解相關事情，並跟他說若有很多事情需要中央支援，那我全部都答應。」
游錫堃進一步提到，當時要求在和平醫院看過病的病患，一定要想辦法全部都要整理出來，讓中央追蹤，結果馬英九完全沒有做到，當時中央全力支援，召見馬英九後，隔天馬上要求國防部把松山醫院提供出來做SARS專責醫院，想辦法把和平醫院病患送到松山，接著成立中央防疫緊急應變中心，自己擔任召集人，那時候就是這樣處理。
最後，游錫堃重申，要請馬前總統講話要憑良心，不要動不動就批評別人，把責任都推給中央，誰代表中央？如果不是總統就是行政院長，馬當時都有來行政院開會，他質疑「為什麼和平醫院要封院之前不必報告？」
針對游錫堃的「良心說」，馬英九基金會執行長蕭旭岑重申，和平封院是中央決議下令，地方政府執行，當時公文俱在，游院長怎好意思甩鍋？蕭旭岑反問，游院長沒有看到4月24日的會議記錄嗎？應該向游院長報告的不是當天出席會議的副院長林信義嗎？在《回首SARS》書中表示不後悔做封院決策的涂醒哲署長，做決定之前難道也跳過游院長？游錫堃院長是當假的嗎？18年後還說不知道，是承認自己在狀況外嗎？
蕭旭岑強調，防疫當頭，最不需要的就是政治鬥爭，應該要齊心抗疫，立法院長更應以身作則。馬前總統辦公室已還原當年封院事實，呼籲游院長少噴政治口水，講話真正要憑良心，不要搞不清楚狀況亂講，貽笑大方。
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