本次上網登記之身分證字號、健保卡號及金融機構帳號，數位部設計有嚴密的資料保護機制，包括資料傳輸全程加密、使用資料必須獲得授權並留下可追蹤之紀錄、資料存放以加密方式儲存等，確保民眾的資料受到嚴密保護不外洩。本專案並非第一次搭配健保卡卡號協助辨識身分，像是1922疫苗預約平台、手機申報綜合所得稅及「孩童防疫家庭補貼」，都要輸入身分證字號與健保卡號。
財政部說明，如同辦電信門號要帶雙證件，雙卡號驗證是保護民眾申領6000元權益，防止有心人士偽冒他人證件號碼而盜領款項。登記入帳官網會檢核民眾輸入之健保卡號與身分證字號是否一致，若兩個證件號碼非屬同一人，6000官網會拒絕將資料登載。
財政部強調，全民共享普發現金系統平台符合行政院「高」等級資通系統防護基準之控制措施，相關資訊傳輸及存取管理亦加密及監控，該部將偕同數位部嚴密管理與保護本專案所蒐集個資，以確保資料安全。
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