KPMG安侯建業稅務投資部執業會計師洪銘鴻提醒，若夫妻是因感情不睦或受家暴威脅而分居、符合相關條件並取具證明文件者，除所得可完全切開，各項扣除額也可各自申報，惟撫養親屬必須雙方協調好，不能重複申報。
依財政部訂定「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」的規定，只有納稅義務人及其配偶適用分別財產制之原因，是因符合民法第1010條第2項「難於維持共同生活，不同居已達6個月以上」規定，而向法院聲請宣告者，方得於辦理法院宣告改用分別財產制之日所屬年度及以後年度之綜合所得稅結算申報時，檢附法院裁定書影本各自辦理結算申報及計算稅額。
KPMG安侯建業稅務投資部協理陳信賢提醒，分居之納稅義務人及其配偶，若是依非訟事件法規定，自行檢具相關文件，向法院聲請登記以分別財產制作為夫妻財產制，則表示夫妻適用分別財產制之原因，是出於婚姻當事人之自由選擇，此種情形不符合考量夫妻分居導致客觀上合併辦理申報確有困難，始例外增列夫妻得各自辦理結算申報及計算稅額除書規定之用意。因此仍不得分開辦理結算申報及計算稅額。
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