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《中國科學報》1日報導, 2016年1月,回國不滿半年的張余,在《中國科學院分子植物科學卓越創新中心人員遴選申請書》裡寫道:「申請人擬開展的工作是運用結構生物學研究葉綠體編碼的RNA聚合酶(PEP)的工作機理和調控機制。」8年後,張余團隊和華中農業大學副教授周菲團隊合作,解析了PEP的冷凍電鏡結構,並揭示了該葉綠體基因轉錄「機器」的「裝配零件」「裝配模式」「功能模組」,為葉綠體光合作用的基礎研究和應用探索打下了基礎。相關研究成果3月1日以封面文章形式發表於《細胞》。